Organem zarządczym Polsko-Węgierskiej Izby Gospodarczej jest Rada Izby wybierana przez firmy członkowskie na trzyletnią kadencję. W skład Rady Izby obecnej, pierwszej kadencji (rozpoczętej 21.11.2019 r.) wchodzi 11 członków. Pracami Rady kieruje Prezes Izby. Kierownictwo operacyjne Izby sprawuje Dyrektor Generalny, który zarządza pracą Biura Izby.
Prawo reprezentacji Izby przysługuje Prezesowi Izby i Dyrektorowi Generalnemu działającym samodzielnie, oraz Członkowi Rady Izby lub Wiceprezesowi działającemu z Prezesem lub Dyrektorem Generalnym łącznie.
